Panamá es el más austral de los países centroamericanos. Está ubicado en la parte más angosta y baja del Istmo de Panamá que une a Norte y Sur América. Algo más pequeño que Carolina del Sur, Panamá comprende cerca de 77,082 km2, tiene 772 km de largo y tiene entre 60 y 177 km de ancho. Limita al oeste con Costa Rica, al Este con Colombia, al norte con la costa caribeña y al sur con la costa pacífica. El Canal de Panamá, de casi 80km de largo, divide al país en la región oriental y occidental.
Las dos líneas costeras de Panamá son conocidas como Caribeña (o Atlántica) y Pacífica. Debido a la ubicación y forma del país, las direcciones expresadas según la los puntos cardinales suelen ser sorprendentes. Por ejemplo, un viaje a través del Canla de Panamá Canal desde el Pacífico hasta el Caribe implica viajar no al Este sino al Noroeste, y en la ciudad de Panamá el amanecer es en el Este sobre el océano Pacífico. El país está dividido en 9 provincias más la Comarca de San Blas. Los límites provinciales no han cambiado desde que fueron establecidos en 1903. Las dos fronteras internacionales _con Colombia y Costa Rica_ han sido claramente delimitadas y desde fines de la década del 80 no se han producido disputas importantes.
La costa caribeña posee muchos buenos puertos naturales. Sin embargo, Cristobal, en la terminal caribeña del Canal, recién tuvo establecimientos portuarios importantes a fines de los años 80. Las numerosas islas del Archipiélago de Bocas del Toro, cerca de la frontera con Costa Rica, ofrecen una ruta natural al puerto bananero de Almirante. Las cerca de 350 Islas San Blas, cerca de Colombia, ofrecen más de 160km de costa caribeña protegida.
El puerto principal sobre el Pacifico es Balboa. Las islas más importantes son las del Archipiélago de las Perlas en el medio del Golfo de Panamá, la colonia penal de la Isla de Coiba en el Golfo de Chiriquí, y la decorativa isla de Taboga, una atracción turística que puede ser vista desde la ciudad de Panamá. Hay más de 1000 islas en la costa del Pacífico.
El rasgo dominante del área continental de Panamá es su espina central de montañas y sierras que forma la división continental. Esta espina es un arco altamente erosionado de un levantamiento del fondo del mar en donde los picos se formaron por intrusiones volcánicas.
La cadena montañosa es llamada Cordillera de Talamanca cerca de la frontera con Costa Rica. Más al Este se llama Serranía de Tabasará, y en la porción cercana a la parte más baja del istmo, donde se encuentra el Canal, se la llama Sierra de Veraguas. En su conjunto se la suele llamar Cordillera Central.
El punto más alto en el país es el Volcán Barú, de casi 3,500 ms.
Cerca de 500 ríos atraviesan Panamá. La mayoría son no navegables y se originan como arroyos en los valles y forman deltas costeros. Sin embargo, los ríos Chepo y Chagres son fuentes de energía hidroeléctrica.
El río Chagres es uno de los más largos y vitales de los 150 ríos que fluyen hacia el Caribe. Parte de este río fue embalsado para crear el Lago Gatón, que forma una buena parte de ruta entre las puertas al final de cada canal. El Río Chepo, es uno de los 300 que desemboca en el Pacífico. Los ríos orientados hacia el Pacífico son más largos y tranquilos que los que desembocan hacia el Caribe.
Los grupos de islas principales, ambos en el Mar Caribe son los archipiélagos de San Blas y Bocas del Toro. La isla de Barro Colorado en Lago Gatón es hogar de una estación de investigación tropical mundialmente conocida operada por el Instituto de Smithsoniano de Investigación Tropical. El Lago Gatón es un lago artificial en el medio del Canal de Panamá.
